午餐研讨会

研讨会特邀横滨市立大学研究生院医学研究科遗传学教室的松本直通教授，以《不依赖测序的基因组异常检测工具：Optical Genome Mapping》为题进行演讲。

在松本教授演讲前，光学基因组图谱（OGM）设备制造商美国Bionano Genomics公司以《Next Generation Cytogenomics with Optical Genome Mapping》为题，首先介绍了OGM技术概况。

松本教授通过多个复杂染色体重排（complex chromosome rearrangement）案例，从Circos Plot展示的结构变异（SV）全局图谱入手，详细解读了目标结构多态性（SV）的图谱判读方法。在其最新发表的论文中，使用OGM技术评估了3号染色体上FGF12基因双等位基因的SV情况：一个等位基因检测到152 kb的重复，另一个等位基因存在65 kb的缺失，这些变异都能通过Access软件清晰呈现（欢迎查阅该论文）。

重复序列疾病分析案例

教授还分享了OGM在重复序列疾病分析中的应用实例。在面肩肱型肌营养不良症（FSHD）中，4q35（4号染色体的亚端粒区域）的DUX4基因表达被认为与发病相关。

该区域存在被称为D4Z4重复序列的约11至100次重复序列，通过高度甲基化抑制DUX4的表达。4q35根据是否含有贡献于DUX4 mRNA稳定性的polyA信号，可分为致病性的4qA等位基因和非致病性的4qB等位基因，这种区分对诊断至关重要。

此外，还需要与存在于10号染色体上、与疾病无关的几乎相同的重复序列进行区分。目前该疾病的分子诊断采用Southern blot技术，而使用OGM可以实现更简便的FSHD检测。

接着，他还介绍了脆性X染色体综合征（Fragile X），包括诊断方法的变迁以及与基于测序的方法的差异。脆性X染色体综合征的病因是X染色体上FMR1基因的功能障碍，认为是由该基因内CGG三核苷酸重复序列的异常延伸引起的。

当重复序列延伸超过200次（full mutation）时，不仅该区域，邻近的CpG岛（启动子）也会被甲基化，从而抑制基因表达。

重复次数在正常人为6-44次（Normal），携带者为55-200次（premutation），OGM可以检测full mutation。

此外，在松本教授研究团队阐明致病基因的神经元核内包涵体病（Neuronal intranuclear inclusion disease: NIID）的分析案例中，虽然检测可行性依赖于重复序列长度这一课题存在，但仍展示了OGM在重复序列疾病分析中的有用性。

研讨会盛况空前，原定90个座位供不应求，现场甚至出现站立听课的专家学者

VIA软件介绍

Bionano Genomics公司还推介了最新数据分析平台VIA，该软件可整合NGS（短读长/长读长）、微阵列和OGM数据进行联合分析。

OGM设备Saphyr系统标配的Access软件提供数据浏览和GUI分析界面，其Circos Plot变异可视化功能获得松本教授高度评价。

教授在会后交流中特别表达了对VIA软件的期待。

结语

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